بقدر ما يوفر التسويق الإلكتروني من فرص كبيرة ومتنوعة في ظل الاتجاه نحو العولمة والتحول إلى الاقتصاد الرقمي، إلا أنه يواجه بعض التحديات والصعوبات التي تحد من استخدامه والاستفادة منه، ويمكن تحديد أهم هذه التحديات فيما يلي:
1 ـ التحديات التظيمية
إن تنمية الأعمال من خلال التسويق الإلكتروني تحتاج إلى إحداث تغييرات جوهرية في البنية التحتية في الهيكل والمسار والفلسفة التنظيمية للشركات، فهناك حاجة ماسة إلى إعادة تنظيم هياكل الشركات ودمج الأنشطة والفعاليات الاتصالية التسويقية الخاصة بالتسويق الالكتروني باستراتيجيتها التقليدية مع تحديث إجراءات العمل بها بما يتمشى مع التطورات التكنولوجية المتجددة.
2 ـ ارتفاع تكاليف إقامة المواقع الالكترونية
إن إنشاء موقع الكتروني على الانترنت أشبه ما يكون بإنشاء وبناء موقع مادي، حيث أن تصميم وإنشاء وتطوير المواقع الالكترونية يحتاج إلى خبراء متخصصين وعلى درجة عالية من الكفاءة وكذلك الحاجة إلى دراسات تسويقية وفنية بحيث تكون تلك المواقع الالكترونية جذابة ومصممة بشكل قادر على جذب انتباه العملاء وإثارة اهتمامهم، كما يجب أن يكون الموقع مؤهلاً لتقديم قيمة إضافية للعميل بما يحقق للشركة ميزة تنافسية عن الآخرين.
3 ـ تطور تكنولوجيا المواقع الإلكترونية
إن سرعة التطورات التكنولوجية في مجال تصميم وتطوير المواقع الالكترونية وتعزيز فعاليتها وقدرتها التنافسية يُعّد من أهم التحديات التي تواجه استمرارية هذه المواقع ونجاح التسويق الالكتروني من خلالها.
4 ـ عوائق اللغة والثقافة
إن اللغة والثقافة من أهم التحديات التي تعوق التفاعل بين كثير من العملاء وبين العديد من المواقع الالكترونية، لذا فهناك حاجة ملحة لتطوير برمجيات من شأنها إحداث نقلة نوعية في ترجمة النصوص إلى لغات يفهمها العملاء، كذلك ضرورة مراعاة العوائق الثقافية والعادات والتقاليد والقيم بحيث لا تكون عائقاً نحو استخدام المواقع التجارية.
5 ـ الخصوصية والأمن
تعد السرية والخصوصية من التحديات التي تعوق وتؤثر على تقبل بعض العملاء لفكرة التسوق عبر الإنترنت وخاصة أن عملية التبادل الالكتروني تحتاج إلى الحصول على بعض البيانات من العملاء مثل الاسم، النوع، الجنسية، العنوان، طريقة السداد، وغيرها.. لذا فهناك ضرورة لاستخدام برمجيات خاصة للحفاظ على سرية وخصوصية التعاملات التجارية الالكترونية مثل برنامج Cookies.
6 ـ عدم الثقة في وسائل الدفع الالكترونية
إن أسلوب الدفع بواسطة بطاقات الائتمان عبر الانترنت هو أكثر أشكال السداد ارتباطاً بالتسويق الالكتروني، و تعتبر عملية تحويل النقود في صلب أي معاملات تجارية عبر الانترنت من أكثر التحديات التي تواجه التسويق الالكتروني، لذا أصبح هناك اتجاه نحو استخدام برمجيات خاصة لتأمين وسائل السداد الالكتروني، وترسيخ ثقة العملاء بها مثل برنامج Secure Electronics Transactions.